Após realizado a parametrização para troca de versão (https://bconhecimento.freshdesk.com/a/solutions/articles/43000705245) para emitir o CTe de Substituição na versão 4.0 não mudará muito o processo já acostumado, a única diferença será a falta de vínculo com o CTe de Anulação.
Ao acessar a tela de Manutenção de Serviços / Serviço de frete, preencher os dados até a classificação de transporte e clicar no ícone de substituição basta apenas referenciar a Série e Número do CTe que será substituído, em seguida clique no botão "Gravar" não será mais obrigatório o preenchimento das referências de Anulação:
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