Acesse a tela "Operacional > Serviços > Emissão automática por NF", e após realizar o filtro das notas fiscais desejadas para exclusão, selecione as mesmas no grid abaixo e ao clicar com o botão direito, traz as opções de Excluir NF ou Excluir todas NF.
Operacional > Serviços > Emissão automática por NF.

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