Na tela de apuração de PIS e COFINS é possível fazer ajustes de valor e base de calculo.
Aba Apuração após clicar em pesquisar abre as abas de ajustes e deduções:

Como exemplo vou fazer um ajuste de base de calculo, mas a ideia é a mesma pra todas as abas.
Preencher os dados solicitados e navegar na tela com enter, clica no ícone verde para as informações irem pra linha de baixo e após processar:


Ao retornar na aba débito os valores já estão atualizados:
 
 
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