O cálculo de documentos com base negativa dependerá da marcação do novo flag, que está localizado na aba "Diversos":

A opção virá desmarcada para todos os clientes porém, ao realizar a marcação e processar qualquer documento com esse flag, ele ficará marcado (default) para os próximos meses a serem executados o recálculo (seguindo o padrão de busca Empresa e Filial).

O cálculo da base negativa seguirá os mesmos padrões do calculo efetuado para os casos onde há a gratuidade total para o BPe: a base será zerada e o cálculo será efetuado a partir desse valor.

Demonstrarei abaixo um exemplo onde o documento possui uma gratuidade parcial e usaremos, em concomitância a dedução de ICMS:

O documento acima temos a seguinte informação:

Valor Contábil: R$ 202,88

Desconto: R$ 163,88

Valor Operação: $202,88 - $163,88 = $39,00

Valor de ICMS: $7,02

Taxa: $32,00

Base de Cálculo: Valor da Operação - ICMS - Taxa: $39,00 - $7,02 - $32,00 = $0,02

Dessa forma temos uma base de cálculo negativa para esse documento.

Após realizar o cálculo do documento com o flag marcado:

O valor da base de cálculo ficou zerado e o cálculo seguiu normalmente. 

Na geração do arquivo, o mesmo será gerado da seguinte maneira: