Ao emitir um documento pelo Encomendas, caso o mesmo esteja com status "Não autorizado" ou "Rejeitado" o processo correto é inutilizar a numeração do CT-e, ou seja, informar a SEFAZ que aquele número de CT-e não foi utilizado.

A funcionalidade de inutilização de número do CT-e tem a finalidade de permitir que o emissor comunique à SEFAZ, até o décimo dia do mês subseqüente, os números de CT-e que não serão utilizados em razão de ter ocorrido uma quebra de seqüência da numeração do CT-e. A inutilização de número só é possível caso a numeração ainda não tenha sido utilizada em nenhum CT-e (autorizado, cancelado ou denegado).

Fonte: https://www.cte.fazenda.gov.br/portal/perguntasFrequentes.aspx?tipoConteudo=HC/iuy94/Rk= 

1. Como inutilizar a numeração

Passo 1: Na tela de consulta de CT-e, localizar os documentos com status de  "Não autorizado" ou "Rejeitado"

Passo 2: Em seguida basta clicar no status do documento para aparecer a opção de inutilizar

Passo 3: Ao clicar em Inutilizar CT-e abrirá a tela para digitar a justificativa e, após digitada, o botão Enviar SEFAZ habilitará para envio.

Este processo é necessário para que a Transportadora não tenha problemas fiscais no futuro e deve ser feito toda vez que uma numeração de CT-e for "pulada" ou "Não autorizada".

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