Para que seja possível a associação precisa ter uma nota original (sem ICMS) e outra complementar (com ICMS) para dedução da NFE complementar conforme exemplo abaixo:

Nota Original

Terá valor contábil

Não terá Base, alíquota e valor de ICMS

Já a nota fiscal complementar 

NÃO terá valor contábil

Terá Base, alíquota e valor de ICMS

3. Exemplo do cálculo

Será imprescindível marcar na aba > Dedução ICMS - SAÍDAS a flag " Deduzir o valor de ICMS da base de cálculo" conforme abaixo:

Ao efetuar o cálculo na aba > Débitos - Saídas somente será visualizada a nota ORIGINAL

Assim na nota original basta clicar com botão direito e escolher a opção “Associa ICMS de Nota/CT-e complementar

Automaticamente, abrirá essa tela abaixo com a relação de NF-e / CT-e Complementar, para que, assim seja permitido associar a nota original, e como a flag para deduzir o imposto foi marcada, deduziremos esse ICMS da nota complementar.

Basta então marcar a NFE e clicar em associar

Automaticamente no check box será marcado e basta clicar no processar

Documento devidamente calculado

Conferência dos valores

Veja o valor contábil não muda será o valor original da nota;

A base de cálculo para PIS/COFINS será o valor da coluna BASE , no exemplo o valor contábil era de R$ 2.340,00, porém como marquei a flag para deduzir o ICMS (NFE complementar) 421,20 ficou base de 1918,80.

Prontinho cálculo efetuado com sucesso!